O NUPEX – Núcleo de Pesquisa e Extensão desta Faculdade é o caminho de realização dos dois outros eixos da natureza da faculdade, a pesquisa e a extensão. Atualmente o NUPEX desenvolve as atividades que bem antes do seu reconhecimento formal pelo MEC já ocorriam na Faculdade do Maranhão.

Desde sua fundação esta instituição, compreendeu que o acesso à educação, deveriam ser assegurados para todos, inclusive para além do ambiente acadêmico, tal compreensão foi perceptível logo nos primeiros anos de funcionamento do então Centro Teológico – CET, por meio da realização de eventos de cunho cultural, social e religioso, sempre amparados pelo caráter educacional destes. O que favoreceu que esta IES, se destaca-se na realização de cursos de longa e curta duração ao mais variado público e faixa etárias, contribuindo para a democratização do ensino.

Esse caminho de promoção de cultura superior, como já entendido o acesso à educação desde o surgimento da SOMACS, perdura até os dias de hoje, e tem se desenvolvido ainda mais, o NUPEX conta hoje, com a realização e apoio de cursos de longas e curtas duração, atividades de extensão, programas de monitoria e de iniciação científica, treinamentos e cursos de aperfeiçoamento nas áreas de filosofia, teologia e ciências da religião.