O Curso de Teologia foi criado em 1984, inicialmente como um curso livre, em resposta à crescente demanda por formação teológica no Maranhão. A iniciativa surgiu da colaboração entre a Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB) e a Conferência dos Religiosos do Brasil (CRB), diante da carência de instituições capazes de oferecer uma formação adequada para o clero, lideranças e agentes de pastorais na região.
     Em 1987, o curso foi reconhecido como licenciatura plena  e em 2006, obteve autorização do Conselho Nacional de Educação (CNE) para a regularização do curso, de modo a reafirmar a importância do Então Instituto de Estudos Superiores do Maranhão, na formação teológica na capital São Luís e na região.
    O Curso de Teologia da atual Faculdade Católica do Maranhão destaca-se pela sua proposta curricular que busca formar teólogos com sólida formação científica, religiosa, técnica e política, comprometidos com a realidade social e capazes de promover transformações. Desde sua criação, o curso tem desempenhado um papel fundamental na formação de líderes e agentes de pastoral, contribuindo para a construção de uma sociedade mais justa e fraterna no Maranhão.